Certains disent que c’est la CIA qui aurait ordonné le meurtre, les dirigeants étant inquiets du futur de l’agence après que Kennedy aurait déclaré souhaiter « briser la CIA en mille morceaux et les disperser à tous les vents ». D’autres insistent sur le fait que c’est la mafia qui a organisé et perpétré le meurtre du président, après que son administration ait attaqué ses opérations illicites.