C'est le ministre des finances du pays, Miguel Egonga Obiang, qui a révélé les faits.
Il précise que cette situation suspecte et frauduleuse a été décelée via ''des investigations gouvernementales''.
Le ministre équato-guinéen ajoute par ailleurs que le gouvernement a invité l'entreprise Total à présenter une proposition d'arrangement au cours d'une réunion lundi.
Les responsables de la société française en Guinée équatoriale n'ont pas souhaité réagir a précisé l'AFP.
Malabo indique avoir transmis le dossier à la justice.
La Guinée équatoriale, pays d'environ un million d'habitants, fait partie des pays producteurs de pétrole en Afrique.
Total accusée de fraude en Guinée Equatoriale
L'Etat Equato-Guinéen réclame "48 milliards de franc CFA'' à l'entreprise Total pour fraude" dans la vente de carburant entre 2010 et 2012.